乐投letou生物报路:?近十年来，，，，，，，肠路微生物组已成为性命科学钻研领域的热点，，，，，，，但目前大部门钻研都集中在使用二代测序技术进行物种和职能的解析，，，，，，，宏基因组的拼接质量不高并且很难实现菌株水平的职能差距分析。。。。。。。

有鉴于此，，，，，，，中科院微生物钻研所王军课题组和动物钻研所宋默识课题组合作，，，，，，，成立了ONT三代测序和Illumina二代测序数据混合组装和后续分析流程。。。。。。。在mock community上的验证批注，，，，，，，三代和二代测序数据的混合组装从齐全度、正确水平以及编码密度方面均比单纯二代或者三代测序组装更有优势。。。。。。。

图1 本钻研的技术路线（a）,利用三代测序进行SV的深度解析，，，，，，，以及横断面/功夫序列中SV的组成、动态分析，，，，，，，最终进行SV对代谢职能的影响判定。。。。。。。(b) 混合组装可能有效提高N50，，，，，，，并组装出大量的基因组（c），，，，，，，其中发现更多的insertion、deletion和inversion。。。。。。。

图2 肠路微生物中与SVs有关的职能钻研了局。。。。。。。(a,b,c) SV影响基因富集了局; (d-i) SV影响单菌种内分歧菌株与代谢产品以及血糖的关联。。。。。。。

图3 肠路菌群汇中与病毒和CRISPR有关的钻研了局

该钻研基于三代ONT序列，，，，，，，提高了宏基因组装的质量、SV的发现能力，，，，，，，发现了大量蕴含插入突变和基因倒位在内的结构变异对于菌株水平上基因职能的影响，，，，，，，以及噬菌体、CRISPR-spacer等系统的深度挖掘。。。。。。。这项钻研是课题组利用三代Nanopore测序技术解析肠路病毒组（Cao et al., Medicine in Microecology, 2020, 4:100012; Cao et al. Gut Microbes, 2021, 13），，，，，，，近期颁发的真菌组分析步骤（Lu et al, Molecular Ecology, doi:10.1111/mec.16534）和靶向RNA检测病原微生物（Zhao et al., Advanced Science, 2021, 8, 2102593）之后，，，，，，，在利用三代Nanopore测序技术索求肠路微生物钻研领域的新进展。。。。。。。这一发现，，，，，，，对将来更精密的精准医学领域的发展提供了理论启发。。。。。。。

中国科学院微生物钻研所王军钻研员、中科院动物钻研所宋默识钻研员为本文的共同通讯作者。。。。。。。中国微生物钻研所助理钻研员陈亮、赵娜、博士生曹佳宝、硕士钻研生刘幼林、助理钻研员徐嘉悦为该论文的共同第一作者。。。。。。。该钻研得到了国度沉点研发打算项目、国度天然科学基金项目、中国科学院战术性先导科技专项、北京市天然科学基金项目等多项资金的赞助。。。。。。。