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中科院学者合作颁发Nature Methods:利用CRISPR-Cas13对环形RNA职能的筛选和钻研


乐投letou生物报路:表显子反向剪接形成的环形RNA是一类不拥有5' 帽子和3' 尾巴的共价关合RNA分子,,,,,,,,其与对应的线形RNA在一级序列上齐全沉复。。。。 。。中科院上海营养与健全钻研所(中科院-马普学会推算生物学同伴钻研所)杨力钻研组构建并优化了一系列环形RNA推算生物学钻研系统,,,,,,,,通过在转录组高通量测序数据中寻找环形RNA特异的反向剪接位点,,,,,,,,系统高效地揭示了环形RNA的广谱表白、及其特殊加工机造和职能作用等(Zhang et al, Cell 2014; Zhang et al, Genome Res 2016; Dong et al, Cell Res 2016; Zhang et al, Cell Rep 2016; Dong et al, RNA Biol 2017; Li et al, Mol Cell 2017; Liu et al, Cell 2019; etc)。。。。 。。

近期,,,,,,,,钻研组还构建了全新的CIRCexplorer3-CLEAR分析流程,,,,,,,,通过对环形与线形RNA表白的直接比力,,,,,,,,获取拥有生物潜能的高表白环形RNA(Ma et al., Genomics Proteomics Bioinformatics 2019)。。。。 。。然而,,,,,,,,迄今仍没有一种高效的步骤能够在体内直接分辨一级序列沉复的环形RNA与线形RNA,,,,,,,,这极大地影响了针对环形RNA的职能钻延祝。。。 。。

2020年12月7日,,,,,,,,国际权威期刊Nature Methods在线颁发了中科院上海营养与健全钻研所(中科院-马普学会推算生物学同伴钻研所)杨力钻研组与中科院分子细胞科学卓越创新中心陈玲玲钻研组和李劲松钻研组关于环形RNA钻研的最新进展“Screening for functional circular RNAs using the CRISPR-Cas13 system”。。。。 。。

在这项最新的合作钻研中,,,,,,,,科研人员证了然利用CRISPR-RfxCas13d/BSJ-gRNA系统可能高效地敲低环形RNA表白而不影响其亲本线形mRNA表白。。。。 。。更为沉要的是,,,,,,,,利用RfxCas13d/BSJ-gRNA可编程的个性,,,,,,,,钻研人怨仉对环形RNA发展了全基因组水平的职能筛选。。。。 。。

钻研人怨仉对环形RNA的CRISPR-Cas13筛选,,,,,,,,构建并测试了一种全新的推算分析流程Cas13d-mediated circRNA screen (CDCscreen, https://github.com/YangLab/CDCscreen),,,,,,,,其能够高效地在细胞及幼鼠体内捕获RfxCas13d/BSJ-gRNA筛选阳性的环形RNA职能分子,,,,,,,,并用于进一步的调控机造钻延祝。。。 。。CRISPR-RfxCas13d/BSJ-gRNA筛选、CDCscreen推算分析系统的成立及其利用,,,,,,,,为全面和深刻理解环形RNA的生物学职能提供了新的技术选择和理论支持。。。。 。。

中科院分子细胞科学卓越创新中心陈玲玲组李斯琪博士和李响博士,,,,,,,,中科院上海营养与健全钻研所(中科院-马普学会推算生物学同伴钻研所)杨力组博士生薛尉,,,,,,,,和中科院分子细胞科学卓越创新中心李劲松组博士生张麟为该项钻研论文的共同第一作者,,,,,,,,陈玲玲钻研员、杨力钻研员和李劲松钻研员为该论文的共同通讯作者。。。。 。。本项钻研得到了中国科学院战术性先导专项、国度天然科学基金委、Howard Hughes Medical Institute (HHMI)、上海市科学技术委员会和中科院青促会等项主张赞助。。。。 。。

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