乐投letou生物报路：作为细胞异质性钻研的沉要工具，，，，，，，，近年来单细胞转录组测序技术蓬勃发展，，，，，，，，并堆集了大量钻研数据。。。。。若能有效利用现有的单细胞数据进行检索与揣度，，，，，，，，钻研者便能更好地进行新测序单细胞的注解，，，，，，，，以及综合无数据集的钻延祝。。。。然而，，，，，，，，精确的单细胞转录组数据检索和注解必要克服两个挑战：一、数据集之间的批次效应（batch effect）会显著影响细胞检索的靠得住性；；；；；二、目前短缺跨物种和平台、拥有高质量注解的单细胞转录组数据库。。。。。

日前，，，，，，，，北京大学生物医学前沿创新中心（BIOPIC）、北京将来基因诊断高精尖创新中心（ICG）、北京大学性命科学学院生物信息中心（CBI）、蛋白质与植物基因钻研国度沉点尝试室的高歌课题组，，，，，，，，在期刊Nature Communications上颁发了题为“Searching large-scale scRNA-seq databases via unbiased cell embedding with Cell BLAST”的生物信息学论文，，，，，，，，颁布了基于深度进建模型的单细胞转录组数据检索和注解的新步骤Cell BLAST，，，，，，，，以及具备高质量注解的单细胞转录组参考数据库ACA，，，，，，，，为有效利用现罕见据进行细胞注解和跨数据集钻研提供了新的工具和资源。。。。。

Cell BLAST使用匹敌自编码器（Adversarial Autoencoder）进行转录组数据降维，，，，，，，，利用匹敌进建战术来解除数据集间的批次效应，，，，，，，，获得了优于当前其他同类工具的成效。。。。。此表作者基于该模型提出了一个新的、更为正确的细胞类似性怀抱用于细胞检索，，，，，，，，在设计上思考了单细胞转录组观测自身所拥有的不确定性。。。。。

除了能够用于细胞类型鉴定，，，，，，，，Cell BLAST能活络地发现参考数据集中不存在的、未知的细胞类型；；；；；此表，，，，，，，，作者用一系列造血干细胞分化的数据集验证了Cell BLAST还能用于注解陆续细胞状态。。。。。

最后，，，，，，，，通过网络大量已颁发的单细胞转录组数据，，，，，，，，作者成立了一个涵盖2,989,582个单细胞、8个物种、27个分歧的组织器官的数据库，，，，，，，，称为Animal Cell Atlas (ACA)。。。。。作者对ACA中的细胞注解进行了具体的整顿，，，，，，，，并使用Cell Ontology构建了一套结构化的细胞类型标注，，，，，，，，用于统一分歧数据集中的标注以及支持细胞类型的揣度。。。。。

该课题提供了在线检索平台（https://cblast.gao-lab.org），，，，，，，，用户能够直接上传待注解的单细胞转录组数据，，，，，，，，用ACA中的参考数据集进行细胞检索和自动注解；；；；；同时也提供了Python软件包Cell BLAST（https://github.com/gao-lab/Cell_BLAST），，，，，，，，用户能够使用软件包在自界说的参考数据集上进行模型训练、检索和定造化分析。。。。。

北京大学性命科学学院博士生曹智杰和魏琳为该论文的共同第一作者，，，，，，，，高歌钻研员为通讯作者，，，，，，，，陆燊、杨德昌在网站构建方面提供了大力支持。。。。。该课题得到了国度沉点研发打算、863打算、蛋白质与植物基因钻研国度沉点尝试室和北京将来基因诊断高精尖创新中心的赞助。。。。。

参考资料：

Cao, Z-J. et al. Searching large-scale scRNA-seq databases via unbiased cell embedding with Cell BLAST. Nat Commun 11, 3458 (2020).