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华中科技大学Genome Biology发文:利用微生物组大数据辅助预测蛋白质三维结构


丽江乐投letou生物报路:华中科技大学性命学院宁康教授团队,,,,,,,,结合软件学院薛志东教授团队和美国密歇根大学推算医学与生物信息系张阳教授团队,,,,,,,,在利用微生物组大数据辅助预测蛋白质三维结构领域获得新突破。。。。。。。。该结合团队钻研成就《Fueling ab initio folding with marine microbiome enables structure and function predictions of new protein families》在生物学领域权威期刊Genome Biology(2018年影响因子:14.028)在线颁发。。。。。。。。宁康教授、薛志东教授和张阳教授为并列通讯作者,,,,,,,,王燕副教授、博士后石强、博士生杨朋硕和张成鑫为并列第一作者,,,,,,,,华中科技大学为该文第一单元。。。。。。。。

这项钻研重要主张为揭示环境微生物辅助预测未知结构的蛋白的可行性和潜在法规。。。。。。。。为此,,,,,,,,钻研团队利用将近2TB的海洋微生物组大数据,,,,,,,,鉴定出了9千7百万的非冗余基因和3万7千个微生物物种。。。。。。。。结合国际顶尖的蛋白质结构预测步骤,,,,,,,,辅助预测出了27个之前没有任何结构信息的蛋白质结构。。。。。。。。

为什么这些蛋白家族能够被预测出来?????? ? ?这些蛋白家族和微生物组之间有什么关联性呢?????? ? ?钻研团队利用先进的数据挖掘步骤对预测了局及其所蕴含的生物学意思进行了深刻的解读。。。。。。。。了局发现微生物组的结构组成和职能散布和预测出的蛋白结构之间存在着很大的关联:首先在微生物组中占有很高比例的物种,,,,,,,,在未知蛋白结构的家族中出现的频率也很高。。。。。。。。其次,,,,,,,,基于结构的蛋白职能预测了局也显示,,,,,,,,预测出的蛋白家族的职能也在微生物组中宽泛散布,,,,,,,,好比光合作用。。。。。。。。

这一钻研了局再一次印证了微生物组作为基因宝库的价值,,,,,,,,并且提供了一种通过海洋微生物基因组提高蛋白质结构和职能建模能力的新蹊径,,,,,,,,出格是对于不足已知同源模板的蛋白质靶标。。。。。。。。并且该钻研团队发现的这种微生物组与预测出的蛋白结构之间的关联性,,,,,,,,对进一步预测出其他未知结构的蛋白提供了一个崭新的思路,,,,,,,,为生物资源挖掘、药物研发蹬爪用提供了更为有力的大数据钻研伎俩。。。。。。。。


原文标题:

  Yan Wang1, Qiang Shi1, Pengshuo Yang1, Chengxin Zhang1, Golam Mortuza, Zhidong Xue*, Kang Ning*, Yang Zhang*. Fueling ab initio folding with marine microbiome enables structure and function predictions of new protein families.Genome Biology,2019,Nov 1;20(1):229. doi: 10.1186/s13059-019-1823-z.

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