丽江乐投letou生物报路:DNA甲基化作为一种沉要的表观遗传建饰，，，，，，调节着很多生物学过程。。。。。。。钻研这种建饰的金尺度步骤是亚硫酸氢盐测序。。。。。。。为此，，，，，，多家公司推出了亚硫酸氢盐转化试剂盒。。。。。。。这些试剂盒在转化效能上阐发不错，，，，，，但DNA损失和DNA片段化等问题仍让人苦恼。。。。。。。

针对这些问题，，，，，，比利时根特大学的钻研人员近日评估了12种亚硫酸氢盐试剂盒的阐发。。。。。。。他们综合利用凝胶电泳、定量PCR、数字PCR以及新一代测序（NGS）等步骤，，，，，，寻找这些试剂盒之间的差距。。。。。。。评估了局于上周颁发在《PLOS One》上。。。。。。。

亚硫酸氢盐处置的步骤于1992年最早提出，，，，，，到此刻依然是分析DNA甲基化的金尺度。。。。。。。它的道理各人都明显，，，，，，亚硫酸氢盐处置使未甲基化的胞嘧啶（C）转化为尿嘧啶（U），，，，，，而甲基化的胞嘧啶（mC）维持不变，，，，，，之后可通过测序分析甲基化图谱。。。。。。。只管宽泛使用，，，，，，但这种步骤也出弊端。。。。。。？？？？？？瘫〉姆从城疤峄嵩斐蒁NA片段化和降解。。。。。。。

在这项钻研中，，，，，，钻研人员评估了市场上12种亚硫酸氢盐试剂盒的阐发，，，，，，沉点关注DNA片段化。。。。。。。这些试剂盒蕴含Zymo Research的EZ Gold和EZ Lightning，，，，，，QIAGEN的Epitect和Epitect Fast，，，，，，默克密理博的CpGenome、Epigentek的Bisulflash和Bisulflash Easy等。。。。。。。

钻研人员利用光谱测定（Qubit 2.0荧光计）和dPCR来确定DNA产量，，，，，，利用凝胶电泳、qPCR和dPCR来评估DNA降解，，，，，，并利用新一代测序来确定转化效能。。。。。。。他们发现这些试剂盒存在显著的差距。。。。。。。

以DNA片段化为例，，，，，，凝胶电泳分析检测到Epitect和CpGenome试剂盒存在较大片段，，，，，，注明它们的片段化水平最低。。。。。。。利用qPCR对88 bp至476 bp的片段进行扩增时，，，，，，发现Epitect和CpGenome试剂盒的Cq值最幼。。。。。。。同样地，，，，，，dPCR通过绝对定量，，，，，，发现这两款试剂盒中的DNA浓度最高。。。。。。。由此可见，，，，，，这两款试剂盒造成的DNA片段化至少。。。。。。。

在DNA回收率方面，，，，，，EZ Gold试剂盒阐发最佳，，，，，，而统一家公司的EZ Lightning试剂盒却排名第六。。。。。。。钻研人员以为，，，，，，既然这两种试剂盒选取了一样的DNA脱璜和DNA纯化，，，，，，那么影响DNA回收率的可能是转化缓冲液和转化前提。。。。。。。

至于哪个试剂盒是最佳的亚硫酸氢盐转化试剂盒，，，，，，钻研人员以为这要取决于具体尝试。。。。。。。对于DNA长片段的甲基化钻研，，，，，，Epitect试剂盒是梦想之选，，，，，，由于它造成的片段化至少。。。。。。。在分析短片段时，，，，，，则要思考其他成分：若是DNA数量有限，，，，，，必要高回收率，，，，，，则EZ Gold似乎是更好的选择。。。。。。。

原文检索

Kint S, De Spiegelaere W, De Kesel J, Vandekerckhove L, Van Criekinge W (2018) Evaluation of bisulfite kits for DNA methylation profiling in terms of DNA fragmentation and DNA recovery using digital PCR. PLoS ONE 13(6): e0199091. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0199091