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代谢物数量性状位点分析:分歧数据转换和钻研设计的影响 —— 为代谢组学钻研指明靠得住方向


?  在性命科学钻研的辽阔领域中, ,,,,代谢组学逐步崭露头角。。。。。代谢组全基因组关联钻研(mGWASs), ,,,,也叫代谢物数量性状位点(metQTL)分析, ,,,,致力于索求遗传变异与代谢物水平之间的关系, ,,,,这对于揭示疾病的发朝气造、发现潜在医治靶点意思沉大。。。。。然而, ,,,,目前该领域面对诸多挑战。。。。。代谢物丈量散布的偏态性, ,,,,使得尺度统计步骤难以合用, ,,,,由于这些步骤往往必要满足肯定的散布如果。。。。。同时, ,,,,不足统一、稳重的分析步骤和指南, ,,,,分歧钻研选取的步骤差距较大, ,,,,导致钻研了局的靠得住性和可比性受到影响。。。。。在这样的布景下, ,,,,发展系统钻研以比力分歧分析步骤的曲直、确定靠得住的分析战术火烧眉毛。。。。。


为相识决这些问题, ,,,,来自有关钻研机构的钻研人员发展了一项深刻钻研。。。。。他们利用两项独立的儿童哮喘及其父母的多组学钻研数据, ,,,,蕴含全基因组测序(WGS)和代谢组数据, ,,,,旨在探索分歧数据转换、稳重回归模型、分列检验对 mGWAS/metQTL 了局的影响, ,,,,并对比群体分析和家族性分析的差距。。。。。该钻研成就颁发在《SCIENCE ADVANCES》上, ,,,,为该领域的钻研指了然方向。。。。。


钻研人员发展钻研时用到的重要关键技术步骤如下:首先, ,,,,利用来自遗传学哮喘钻研(GACRS)和儿童哮喘治理项目(CAMP)的样本队列, ,,,,获取全基因组测序数据和代谢组数据。。。。。其次, ,,,,选取分歧的数据转换步骤, ,,,,如 log10转换、秩逆正态转换等, ,,,,并结合群体分析和家族性分析步骤进行钻研。。。。。此表, ,,,,使用分列检验和 Huber 回归对钻研了局进行验证。。。。。

钻研了局具体如下:


  1. 钻研对象:分析基于 GACRS 和 CAMP 的参加者。。。。。群体分析纳入 1021 名 GACRS 儿童和 712 名 CAMP 儿童;;;;;;;;家族性分析纳入 897 个 GACRS 家庭和 340 个 CAMP 家庭。。。。。GACRS 儿童较年轻、BMI 较低, ,,,,且均为西班牙裔;;;;;;;;CAMP 参加者多为欧洲血统。。。。。两个队列共丈量 195 种代谢物。。。。。

  2. 五种分歧的 metQTL 分析步骤:钻研选取五种步骤, ,,,,蕴含分歧的数据转换和群体(模型 1 - 3)、家族性(模型 4 - 5)测试。。。。。模型 1 对代谢物水平进行 log10转换;;;;;;;;模型 2 进行秩逆正态转换;;;;;;;;模型 3 选取两步法;;;;;;;;模型 4 和 5 别离对 log10转换和秩逆正态转换后的代谢物水平进内行族性分析。。。。。

  3. 群体分析中全基因组显著的 SNP - 代谢物关联:群体分析比家族性分析鉴别出更多的 metQTL 关联。。。。。模型 1 鉴别出 159 个, ,,,,模型 2 鉴别出 54 个, ,,,,模型 3 鉴别出 1977 个, ,,,,但模型 3 的关联多集中于少数代谢物。。。。。

  4. 分列检验、Huber 回归和在 CAMP 中的验证:模型 2 在分列检验和 Huber 回归中的阐发优于模型 1 和 3, ,,,,其识此外 metQTL 关联在 CAMP 中的复造率更高。。。。。模型 1 和 3 中部门关联可能是假阳性。。。。。

  5. 潜在假阳性发现的驱动成分:在 GACRS 中, ,,,,次要等位基因频率(MAF)是潜在假阳性关联的重要驱动成分。。。。。模型 1 中低频遗传变异较多, ,,,,与偏态代谢物有关;;;;;;;;模型 3 的关联重要由两衷飓态代谢物驱动。。。。。

  6. I 型谬误模拟钻研:模拟钻研批注, ,,,,尺度线性回归在分析偏态代谢物数据时, ,,,,假阳性率较高, ,,,,尤其是低频 SNP。。。。。Huber 回归和 FBAT 能更好地节造 I 型谬误率。。。。。

  7. 家族性分析在 mGWAS 中的阐发:家族性分析识此外 metQTL 关联较少, ,,,,但了局一致性高, ,,,,在 CAMP 中的复造率高。。。。。FBAT 统计量对偏态散布和数据异常值拥有鲁棒性。。。。。

  8. 所有模型中 metQTL 关联的一致性:三个群体模型中有 41 个共同的 metQTL 关联, ,,,,其中 34 个在 CAMP 中复造。。。。。分列检验中, ,,,,模型间一致性更高, ,,,,部门关联已在文件中报路。。。。。

钻研结论和会商部门指出, ,,,,目前 mGWAS 和 metQTL 钻研不足金尺度和分析指南。。。。。log 转换虽能削减数据散布偏态, ,,,,但分析低频变异时仍可能产生假阳性。。。。。秩逆正态转换能有效节造 I 型谬误率, ,,,,但数据转换可能导致假阴性。。。。。分列检验和 Huber 回归可作为验证的代替步骤。。。。。家族性分析不易出现假阳性, ,,,,但功效较低。。。。。该钻研为将来 mGWAS 分析步骤的选择提供了沉要参考, ,,,,钻研人员在发展有关钻研时, ,,,,应综合思考分歧步骤的优弊端, ,,,,选择最适合钻研问题和布景的步骤, ,,,,推动代谢组学钻研的进一步发展。。。。。(乐投letou生物报路)
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