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生射中心刘想团队揭示L1回转录转座子的转录活性调控染色质拓扑结构域天堑的形成


?乐投letou生物报路:转座子 (transposon) 是基因组中能够移动的DNA, ,,, ,,,,存在于险些所有性命体中, ,,, ,,,,最早在植物中被发现, ,,, ,,,,并获得了1983年的诺贝尔生理学奖。。。。。。转座子曾被称为基因组中的‘暗物质’, ,,, ,,,,转座子活性与多种疾病和发育亲昵有关, ,,, ,,,,但其具体生物学职能仍不清澈。。。。。。转座子在人基因组中约占50%, ,,, ,,,,其中L1回转录转座子约占人基因组的17%, ,,, ,,,,是目前人体内唯一活跃的、并且可能自主转座的转座子。。。。。。L1在基因表白调控、基因组变异、疾病产生以及个别发育过程中均阐扬沉要作用。。。。。。但是, ,,, ,,,,L1若何影响基因表白以及基因组高级结构至今未被齐全理解。。。。。。

人的DNA全长约2米, ,,, ,,,,被精密折叠和压缩在只有微米级直径大幼的细胞核中, ,,, ,,,,形成炼杂的染色质三维结构。。。。。。人基因组三维结构直接影响着基因的复造及转录等活性。。。。。。染色质拓扑结构域 (Topologically Associating Domain, TAD)是染色质高级结构或三维基因组中最根基的结构单元, ,,, ,,,,代表内部间相互接触频率较高的DNA区域。。。。。。TAD会影响加强子与启动子的相互作用, ,,, ,,,,进而影响基因的表白。。。。。。染色质拓扑结构域 (TAD)的天堑形成重要依赖于CTCF结合位点, ,,, ,,,,然而人细胞中存在约20%不依赖于CTCF的TAD天堑, ,,, ,,,,可能与转录活性有关, ,,, ,,,,但有关的分子机造尚不明显。。。。。。

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2024年4月10日, ,,, ,,,,性命科学结合中心、清华大学性命科学学院刘想课题组在《分子细胞》(Molecular Cell)在线颁发了题为“SAFB抑造能表白L1融合转录本的染色质拓扑结构域天堑的形成”(SAFB restricts contact domain boundaries associated with L1 chimeric transcription)的钻研论文, ,,, ,,,,钻研发现转录活跃的L1可能富集RNA聚合酶II (Pol II), ,,, ,,,,表白L1嵌合转录本, ,,, ,,,,并产生TAD天堑。。。。。。同时, ,,, ,,,,核基质蛋白Scaffold Attachment Factor B (SAFB) 对L1这一职能拥有抑造作用。。。。。。SAFB通过鉴别L1 RNA转录正本结合转录活跃的L1 DNA, ,,, ,,,,抑造Pol II在L1上的荟萃, ,,, ,,,,从而抑造了L1的表白和TAD天堑的形成。。。。。。作者指出, ,,, ,,,,SAFB的C端E/R-富集区域拥有结合L1 RNA和形成相分离的职能, ,,, ,,,,在抑造L1 转录及其染色质结构方面阐扬关键作用。。。。。。通过度析分歧细胞中的染色质高级结构, ,,, ,,,,作者发现L1上TAD天堑的形成拥有细胞特异性, ,,, ,,,,与细胞中L1的转录活性亲昵有关。。。。。。并且分歧物种基因组中L1的插入数量和位点的差距也导致了相应位点TAD天堑的物种特异性。。。。。。

综上, ,,, ,,,,该工作发现LINE-1转座子的插入和转录可能形成染色质拓扑结构域天堑, ,,, ,,,,而核基质蛋白SAFB特异地抑造这一过程来守护基因组结构和基因表白(图1)。。。。。。该钻研揭示了L1在基因组进化和基因表白调控方面的沉要作用, ,,, ,,,,也为钻研RNA及RNA结合蛋白在染色质高级结构中的作用提供新思路。。。。。。

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图1: 转录活跃的L1能够荟萃Pol II形成TAD天堑, ,,, ,,,,并影响基因表白; ;; ;;;;核基质蛋白SAFB自动结合L1 RNA转录本, ,,, ,,,,故障Pol II在L1上的荟萃来抑造这一过程。。。。。。

性命科学结合中心PI、清华大学性命科学学院刘想副教授为本文的通讯作者。。。。。。性命科学结合中心、清华大学性命科学学院博士后洪雅强、别路垚、PTN项目2019级博士生张涛为本文共同第一作者。。。。。。性命科学结合中心PI、清华大学性命科学学院颉伟教授、李丕龙教授, ,,, ,,,,浙江大学医学院第四从属医院朱艳芬教授, ,,, ,,,,性命科学结合中心PI、清华大学医学院沈晓骅教授对本项钻研赐与大力援手。。。。。。本钻研获得了性命科学结合中心、国度沉点研发打算、国度天然科学基金会、清华大学自主科研打算、北京生物结构前沿钻研中心的经费支持。。。。。。

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